有机肥料可以使土壤中的微生物大量繁殖，特别是许多有益的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分解菌等。有机肥厂家讲述微生物有机肥里面的这些有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成。

微生物在土壤中的繁殖速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。微生物的菌体死亡后，在土壤中留下了很多微细的管道，这些微细的管道不但增加了土壤的透气性，而且还使土壤变得蓬松柔软，养分水分不易流失，增加了土壤蓄水蓄肥能力，避免和消除了土壤的板结。
有机肥中的有益微生物还能抑制有害病菌的繁殖，这样就可以做到少打药，如果连续多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工、省钱、没有污染。

同时，有机肥料中有动物消化道分泌的各种活性酶，以及微生物产生的各种酶。这些物质施到土壤后，可大大提高土壤的酶活性。长期持久使用有机肥可以改善土壤的质量。从根本上改善提高了土壤的质量，就不怕种不出好的果实。